Bilgi Paketi

Tıbbi Mikrobiyoloji Doktora Programı

MİK660

BİYOİNFORMATİK

Ders Kodu
MİK660
Yarıyıl
-
Teori+Uygulama
2 + 2
AKTS
8
Dersin TürüSeçmeli
Dersin DüzeyiDoktora
Dersin Yılı-
Dersin Yarıyılı-
AKTS8
Öğretim Eleman(lar)ı
Öğrenme Kazanımları

Bu dersin sonunda öğrenciler;

  1. Biyoinformatiğin temel kavramlarını ve kapsamını açıklar.
  2. Farklı biyolojik veri türlerini (sekans, genom, metagenom, protein yapısı) ayırt eder.
  3. Temel biyoinformatik veritabanlarını amacına uygun şekilde kullanır
  4. Sekanslama teknolojileri arasındaki farkları ve kullanım alanlarını karşılaştırır.
  5. Tüm genom ve metagenom analizlerinin sunduğu bilgi türlerini yorumlar.
  6. Protein modelleme, moleküler docking ve moleküler dinamik simülasyonların temel prensiplerini açıklar.
Veriliş BiçimiYüz Yüze
ÖnkoşullarYok
Önerilen DerslerMoleküler Mikrobiyoloji
Ders TanımıBu ders kapsamında biyoinformatiğin temel kavramları, biyolojik veritabanları ve analiz araçları tanıtılmaktadır. Sekanslama teknolojileri, filogenetik analizler, tüm genom ve metagenom analizleri ile protein modelleme, moleküler docking ve moleküler dinamik simülasyonlarının temel prensipleri teorik ve uygulamalı olarak ele alınmaktadır. Öğrencilerin biyolojik verileri analiz edebilme, sonuçları yorumlayabilme ve biyoinformatik yaklaşımları araştırmalarında kullanabilme becerisi kazanmaları amaçlanmaktadır
Ders İçeriği
HAFTA KONULAR
1. Hafta DERS İÇERİĞİ
2. Hafta
3. Hafta 1. Biyoinformatiğe giriş
4. Hafta 2. Biyoinformatik Veritabanları
5. Hafta 3. Biyoinformatik araçlar
6. Hafta 4. Filogenetik
7. Hafta 5. Sekanslama Teknolojileri
8. Hafta 6. Tüm genom analizi-I
9. Hafta 7. Tüm genom analizi- II
10. Hafta 8. Sınav
11. Hafta 9. Metagenom Analizi-1
12. Hafta 10. Metagenom Analizi-2
13. Hafta 11. Protein modelleme
14. Hafta 12. Moleküler Docking
15. Hafta 13. Moleküler dinamik similasyonu
16. Hafta 14. Proje Sunumları ve Değerlendirme
17. Hafta
18. Hafta
KaynaklarKAYNAKLAR

? Mount DW. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Laboratory Press.
? Pevsner J. Bioinformatics and Functional Genomics. Wiley.
? Baxevanis AD, Bader GD, Wishart DS. Bioinformatics. Wiley.
? Lesk AM. Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press.
? Güncel literatür makaleleri ve çevrim içi biyoinformatik veritabanları (NCBI, EMBL-EBI, UniProt, KEGG, PDB vb.).

Öğretim Yöntemleri Anlatım, Örnek Olay İncelemesi, Eğitim-Uygulama, Sunum, Proje, Tartışma, Soru-Cevap, Rapor Hazırlama ÖĞRETİM YÖNTEM VE TEKNİKLERİ Anlatım, Tartışma, Soru-Cevap, Bilgisayar Destekli Uygulama, Proje Tabanlı Öğrenme. Sayısı Toplam Katkısı (%) Ödev 1 25 Proje 1 25 Toplam 50 Yıl İçinin Başarıya Oranı 50 Final Sınavı 1 50 Finalin Başarıya Oranı 50 Toplam 100
Değerlendirme Sayısı Toplam Katkısı (%) Ödev 1 25 Proje 1 25 Toplam 50 Yıl İçinin Başarıya Oranı 50 Final Sınavı 1 50 Finalin Başarıya Oranı 50 Toplam
AKTS İş Yükü
Aktivite Sayı Süre (Saat) İş Yükü
Ara Sınav
Kısa Sınavlara hazırlık
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi
Final Sınavına Hazırlık
Ders Saati
Ara Sınava Hazırlık
Laboratuvar
Final Sınavı
Ödevler
Dönem Projesi Araştırması
Toplam İş Yükü0
Toplam İş Yükü / 300
Dersin AKTS Kredisi8
DilTürkçe
Staj / UygulamaYok
Ö1 Ö2 Ö3 Ö4 Ö5 Ö6
P1
P2
P3
P4
P5
P6