- Ders Kodu
- MBGE403
- Yarıyıl
- Yedinci Yarıyıl (Güz)
- Teori+Uygulama
- 2 + 2
- AKTS
- 5
| Dersin Türü | Zorunlu |
|---|
| Dersin Düzeyi | Lisans |
|---|
| Dersin Yılı | 4 |
|---|
| Dersin Yarıyılı | Yedinci Yarıyıl (Güz) |
|---|
| AKTS | 5 |
|---|
| Öğretim Eleman(lar)ı |
|
| Öğrenme Kazanımları |
Bu dersin sonunda öğrenciler;
- Biyoinformatiğin kapsamıı, biyolojik veritabanlarını, dizi hizalama ve veritabanlarında benzerlik taramasının temel prensiplerini ve temel algoritmalarını açıklar.
- Düzenleyici bölge tahminleme analizlerini yapar ve yorumlar.
- Protein yapı analizini ve üç boyutlu yapı tahmin yöntemlerini, geleneksel yaklaşımlar ve yapay zeka tabanlı araçlar dahil olmak üzere açıklar.
- Gen ifadeleme analizlerini bilir ve sonuçlarını yorumlar.
- Gen ya da proteinler arasındaki ilişkileri ağ biyolojisi ile analiz eder.
- Genom haritalama ve karşılaştırma analizlerini öğrenerek verileri yorumlar.
|
| Veriliş Biçimi | Yüz Yüze |
|---|
| Önkoşullar | Yok |
|---|
| Önerilen Dersler | Yok |
|---|
| Ders Tanımı | Biyoinformatik, biyolojik verilerin anlamlandırılması, saklanması, görsellenmesi ve bu devasa bilgi birikiminden azami ölçüde yararlanabilmek amacıyla, matematik, istatistik, bilgisayar bilimleri, moleküler biyoloji ve genetik alanlarının sentezidir. Bir diğer tanımla, karmaşık biyolojik verilerin derlenmesi ve analiz edilmesi bilimidir. |
|---|
| Ders İçeriği |
| HAFTA |
KONULAR |
|
1. Hafta |
Biyoinformatik Tanım ve Kapsam |
|
2. Hafta |
Biyolojik Veritabanları |
|
3. Hafta |
Dizi Hizalama |
|
4. Hafta |
Veritabanı Benzerlik Taramaları |
|
5. Hafta |
Temel Algoritmalar-Hidden Markov Model |
|
6. Hafta |
Gen Tahminleme |
|
7. Hafta |
Promotör ve Düzenleyici Bölge Tahminlemeleri |
|
8. Hafta |
Protein Yapı Analizi ve Yapay Zeka ile Üç Boyutlu Yapı Modellemesi |
|
9. Hafta |
Gen İfadeleme Analizleri |
|
10. Hafta |
Kodlanmayan RNA Analizi |
|
11. Hafta |
Ağ Biyolojisi |
|
12. Hafta |
Genom Haritalama ve Karşılaştırma |
|
13. Hafta |
Filogenetik Ağaçlar |
|
14. Hafta |
Genome-Wide Analizler |
|
| Kaynaklar | Essential Bioinformatics, Jin Xiong. Cambridge University Press, 2006.
Bioinformatics For Biologists, Pavel Pevzner and Ron Shamir, Cambridge University Press, 2011.
Essentials of Bioinformatics, Volume I, Understanding Bioinformatics: Genes to Proteins, Editors: Shaik, N.A., Hakeem, K.R., Banaganapalli, B., Elango, R. Springer, 2019. |
|---|
| Öğretim Yöntemleri |
- Anlatım
- Tartışma
- Sorun/Problem Çözme
- Eğitim-Uygulama
|
|---|
| Değerlendirme |
|
Sayısı |
Toplam Katkısı (%) |
| Ara Sınav |
1 |
35 |
| Ödev |
12 |
10 |
| Proje |
1 |
15 |
| Toplam(%) |
|
60 |
| Yıl İçinin Başarıya Oranı(%) |
|
60 |
| Finalin Başarıya Oranı(%) |
|
40 |
| Toplam(%) |
|
100 |
|
| AKTS İş Yükü |
| Aktivite |
Sayı |
Süre (Saat) |
İş Yükü |
| Ara Sınav |
1 |
2 |
2 |
| Kısa Sınavlara hazırlık |
|
|
|
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi |
|
|
|
| Final Sınavına Hazırlık |
1 |
30 |
30 |
| Ders Saati |
14 |
2 |
28 |
| Ara Sınava Hazırlık |
1 |
20 |
20 |
| Laboratuvar |
|
|
|
| Final Sınavı |
1 |
2 |
2 |
| Ödevler |
12 |
3 |
36 |
| Proje |
1 |
8 |
8 |
| Uygulama |
13 |
2 |
26 |
| Toplam İş Yükü | 152 |
| Toplam İş Yükü / 30 | 5.06 |
| Dersin AKTS Kredisi | 5 |
|
| Dil | İngilizce |
|---|
| Staj / Uygulama | Yok |
|---|
Program Yeterlilikleri / Öğrenme Kazanımları
|
Ö1 |
Ö2 |
Ö3 |
Ö4 |
Ö5 |
Ö6 |
| P1 |
|
|
X |
|
|
|
| P2 |
X |
X |
X |
X |
|
|
| P3 |
|
|
|
|
|
|
| P4 |
X |
X |
X |
X |
|
|
| P5 |
X |
X |
X |
X |
|
|
| P6 |
|
|
|
|
|
X |
| P7 |
|
|
|
|
|
X |
| P8 |
X |
X |
X |
X |
X |
X |
| P9 |
X |
X |
X |
X |
X |
X |
| P10 |
X |
X |
X |
X |
X |
X |
| P11 |
|
|
|
|
|
X |
| P12 |
|
|
|
|
|
X |
| P13 |
|
|
|
|
|
|
